反思我國(guó)現(xiàn)行有關(guān)注冊(cè)上海公司的立法與實(shí)踐，我們以為至少存在以下幾個(gè)弊端：
其一，中央注冊(cè)上海公司機(jī)關(guān)具體管鄉(xiāng)轄公司登事務(wù)，不僅偏離了中央注冊(cè)上海公司機(jī)關(guān)的職能定位，容易使其陷入具體的注冊(cè)上海公司事務(wù)而疏廢了其應(yīng)有職責(zé)（中央登記機(jī)關(guān)要應(yīng)負(fù)責(zé)進(jìn)行業(yè)務(wù)培訓(xùn)、業(yè)務(wù)指導(dǎo)、政策協(xié)調(diào)、省級(jí)企業(yè)登中心關(guān)系協(xié)調(diào)以及根據(jù)委托進(jìn)行有關(guān)規(guī)范性文件的起草，不責(zé)具體企業(yè)登記事務(wù)），丕有可能由于利益關(guān)系，妨礙其科學(xué)決策和公正、有效監(jiān)督。
其二，多層級(jí)的地方登記管轄，由于利益關(guān)系，很容易形成以行政區(qū)劃為基礎(chǔ)的注冊(cè)上海公司地方保護(hù)，使注冊(cè)上海公司淪為地方利益保護(hù)的工具與手段。
其三，執(zhí)行屬人標(biāo)準(zhǔn)，區(qū)分國(guó)家投資與地方投資、內(nèi)資與外資、有投資與民有投資，因人而異地確定登記管轄，對(duì)申請(qǐng)人有公平，違反了法律的平等原則。不僅如此，其中區(qū)分外商投資企業(yè)與內(nèi)資企業(yè)己管轄，還有違WTO所要求的國(guó)民待遇原則。